真空冷凍干燥機的低溫干燥是預先將含有大量水分的物料冷凍以降低溫度并將其冷凍成固態，然后在真空泵的標準下立即將水蒸氣升華，并且在冷凍和清潔過程中，材料本身會留在冰架上。因此，干燥后其體積不會改變，疏松的多孔結構需要在升華過程中消化和吸收熱量。產品本身的溫度將降低，升華速率將降低，從而提高升華速率并減少干燥時間，所有干燥均在較低溫度下進行。產品的水分，冷凍干燥機的性能，分析干燥的控制時間和分析干燥的溫度是影響水分的主要因素。對于冷凍干燥產品，要求水分含量≤3％。冷凍干燥產品的高水分含量將導致產品分解和收縮。產品含水量高的主要原因是：
1、液體藥物過多。藥液的厚度通常為10-15mm，且不應超過15mm。如果填充量較大，則可以考慮更換較大尺寸的容器以減小藥液的厚度。藥液厚度過大會使干燥過程中的傳熱效果變差，不利于去除產品中的水分，造成真空冷凍干燥機制品水分過高的現象。
2、干燥的產品再次吸收水分。對于易于吸收水分的品種，如果真空冷凍干燥機干燥后處理不當，產品將再次吸收水分，這將增加產品的水分含量。如果排氣時氣體進入冷凍干燥箱，則必須對進入導致水分高的產品的氣體進行滅菌過濾和干燥。開箱即用的產品溫度也會影響產品的水分含量，因此，開箱時的產品溫度要高于潔凈室的溫度，以防止空氣中的水分凝結在產品上。另外，溫度為2-3°C，無塵室的相對濕度應嚴格控制在50％以下。
